A partir de l’any 1108 la muntanya de Sant Miquel es comença a despoblar. No obstant, l’església parroquial continuarà en ús com a tal fins la fi del segle XIX, quan es construeix un nou edifici al poble de Sant Miquel. El cementiri a redós de l’església perdurarà fins l’any 1914, moment en que va ser traslladat a un altre indret. Per la documentació (especialment les visites pastorals del bisbat de Barcelona) coneixem l’aspecte de l’interior de l’església i els diferents sants que s’hi veneraren entre els anys 1304 i el 1884, l’existència d’una rectoria on avui hi ha l’edifici del museu, els problemes de conservació de l’edifici, robatoris d’elements litúrgics, la situació dels rectors o aspectes de conducte moral dels fidels que habitaven als voltants de la muntanya i del nucli de població.
Les excavacions dels darrers anys tant a les esglésies de Sant Miquel i de Santa Maria i al barri fora muralla del Pla dels Albats han permès documentar aquesta continuïtat de l'ocupació baix medieval i moderna. Avui sabem, per exemple, que Santa Maria fou utilitzada com a mas durant part del segle XIV i que sobre la necròpolis que l'envolta s'hi construí una pallissa.
